선발명주의:
미국을 제외한 세계 대부분의 나라가 발명일자와 관계없이 제일 먼저 출원한 자에게 특허를 부여하는 선출원주의를 채택하고 있다. 그러나 미국은 실제로 신기술을 개발한 발명자를 중요시하여, 제일 먼저 발명한 자에게 특허를 부여하는 선발명주의를 채택하고 있다. 선발명주의는 진정한 발명자에게 특허를 부여하는 것이다. 특허는 고용주가 아닌 발명자에게 속하고, 출원은 양도가 가능하나 일단 발명자의 이름으로 출원하여야 한다. 선발명주의는 발명의 장려 및 발명자에게 특허권을 부여한다는 특허제도의 취지에 더 부합하는 장점을 가지고 있다. 선발명주의는 출원의 순서에 따라 특허를 부여하는 것이 아닌 발명의 순서에 따라 특허를 부여한다. 따라서 발명자는 자신의 발명을 빨리 출원하지 않고 우선 숨겼다가 나중에 출원하는 경향이 있다. 또한 선발명주의에 의해 2이상의 동일한 발명이 출원되는 경우 저촉심사 절차에 들어가는 시간과 비용이 추가로 필요하다는 단점이 있다.

선출원주의 채택:
이번 특허법 개정안의 핵심은 선출원주의를 도입한다는 점이다. 즉, 동일 발명에 대한 출원이 둘 이상 경합하는 경우 먼저 발명한 자에게 특허권을 부여해왔던 기존의 선발명주의를 폐지하는 대신 먼저 특허청에 출원을 완료한 발명자에게 특허권을 부여하도록 하는 것인데, 미국을 제외한 모든 선진국이 선출원주의 시스템을 채택한 반면 미국만이 유일하게 선발명주의를 채택하고 있어 세계적 흐름에 일치하지 못한다는 점을 바로잡고자 하는 것이다. 두 시스템의 가장 두드러진 차이점은 특허출원의 우열을 가리는데 사용되는 기준 날짜가 다르다는 점인데, 선출원일을 기준으로 하는 방법은 그 증명이 객관적으로 간단하고 명확한 반면, 선발명일을 가리는 것은 비교적 쉽지 않으며 이에 대한 분쟁이 발생하는 경우 복잡한 사실관계에 대한 증명을 필요로 하므로 많은 비용 및 시간이 소모된다는 문제점이 있다. 현재 미국에서는 저촉심사(interference proceeding)라는 절차를 통하여 선발명 여부를 가려왔는데, 이는 소모되는 비용 및 사회적 손실이 클 뿐만 아니라, 그 결정이 이루어지는 데에 수년의 시간이 소요될 수 있으며, 기업에 있어서는 발명에 대한 기록을 장기간 보존하여야 한다는 실무적 부담이 있는 등 여러 비효율적인 요소가 존재했다. 이번 개정안은 선출원주의의 도입과 함께 저촉심사 절차를 폐지하도록 하며, 대신 모인출원 여부 심사(derivation proceeding)라는 새로운 제도를 도입하여 출원자가 진정한 발명자임을 확인하도록 한다.

우리나라 등 대부분 선출원주의 국가의 경우 특허출원일을 기준으로 발명의 우선 순위를 정하는데 비해서, 미국은 발명이 완성되었을 때 이루어진 것으로 본다. 경우에 따라서는 어떤 발명이 먼저 완성(date of reduction)되었는지 판단이 어려울 경우도 있는데 이를 가리기 위한 절차를 저촉심사(Interference) 절차라고 하며 증거에 의해서 최선 발명자가 누군가를 가려낸다.

저촉심사는 동일한 발명이라고 주장하는 둘 이상의 출원인 사이에서 발명의 특허성과 우선권의 문제를 결정하기 위한 심사절차이다. 이는 미국 특허제도가 발명의 순서에 따라 특허를 부여하는 선발명주의를 채택하여 운용함에 따라 존재하게 된 심사절차이다. 이와 같은 저촉심사의 대상은 동일한 발명을 특허 청구하는 2이상의 계류 중인 특허출원이다.

미국은 선발명주의에 따라 실험실 노트가 잘 보존되어 있는 경우가 일반적이고 여기에는 누가 그것을 기록했고, 무슨 일이 일어났으며, 누구에 의해서 일어났는지가 기재되어 있다. 이 노트는 공증되며 법원 소송절차에서 특정한 날에 무엇이 일어났는지에 대한 기록으로서의 역할을 수행하게 된다. 법이 개정되기 전에는 외국인은 출원한 날에 발명한 것으로 보아 불리하였으나, 현재는 법이 개정되어 외국에서의 발명일을 인정함으로써 차별이 없다. 따라서 미국으로의 특허출원과 관련하여 국내 기업은 평소 때 실험노트 등에 실험내용, 날짜, 서명 등을 잘 기록하여 발명일을 입증할 수 있도록 대비하는 것이 필요하다.

미국 특허제도상 출원인은 특허출원 시 관련 선행기술을 명시하도록 정보공개서(Information Disclosure Statement, IDS)의 제출을 의무화하고 있다. 발명자에게 자신의 발명과 가까운 기술에 대한 문헌을 특허명세서에 인용하는 것을 의무화함으로써, 질 높은 특허를 유도해 내는 측면이 있다. 선행기술조사라 함은 특허권 부여 여부를 판단하기 위하여 특허 출원된 기술과 유사한 기술이 있는지를 조사하는 것이다.

미국 특허제도에는 특허출원의 준비 또는 절차에 실질적으로 관련된 사람들이 지켜야 할 성실과 선의의 의무(duty of candor and good faith)가 있다. 이 성실과 선의의 의무는 특허출원서의 청구항의 특허성에 중요한 영향을 미칠 수 있는 정보는 심사관에게 제출되어야 한다는 것이다. 현재의 청구항의 특허성에 중요하지 않은 정보는 제출할 의무가 없다. 그러나 중요성에 대한 판단이 서지 않을 경우 그 결정을 심사관이 하도록 제출하여야 한다.

우리나라의 경우 출원인이 특허 출원시 선행기술을 명시하는 것이 아닌, 별도의 선행기술조사기관 또는 특허청이 선행기술을 조사하도록 하고 있다. 따라서 정보공개서(IDS) 제출의무는 우리나라 특허제도와는 다른 미국의 독특한 특허제도에 해당한다.

종래에는 특허출원 내용을 특허가 부여될 경우에만 공개하고 특허 거절된 경우 영업비밀로 유지할 수 있다는 점이 매우 특이한 미국 특허제도였으나, 1999년 개정된 특허법에서 출원공개제도를 도입하여 출원일로부터 18개월 후에 출원을 공개하게 되었다. 이에 따라 중복투자를 미연에 방지할 수 있게 되었으며 소위 서브마린(잠수함) 특허문제도 해결되게 되었다. 서브마린(잠수함) 특허란 장기간(통상 20년 이상) 특허상표청에 특허출원을 계류시키고 있다가 이 사실을 알지 못하는 제3자가 상당한 투자를 한 후에 특허등록을 진행시켜 침해소송에서 막대한 로얄티를 받아내는 특허전략으로 1971년부터 1993년까지 파악된 미국 내 서브마린 특허는 627건에 달하였다. 출원공개제도와 관련하여 우리나라는 특허청에 출원되어 공개일 현재 계속 중인 출원은 원칙적으로 모두 출원 공개된다. 그러나 미국의 경우 미국 이외의 국가에 출원하지 않으면 출원공개를 하지 않을 수 있다는 점에서 우리나라 특허제도상 출원공개제도와 일부 차이를 보이고 있다.

우리나라 특허제도와 달리 미국특허제도에는 출원인에 의한 심사청구제도가 없다. 즉 미국 특허출원제도에서는 출원된 발명에 대하여 출원인의 심사청구 여부에 상관없이 무조건 심사를 진행한다. 따라서 출원된 순서에 따라 특허상표청 심사관에 의한 심사가 진행된다.

재심사 제도는 새롭게 발견된 선행기술에 의거하여 등록된 특허에 대하여 다시 심사하도록 특허상표청에 신청하는 절차이다. 누구나 근거자료를 가지고 재심사를 요청할 수 있다. 따라서 재심사제도는 우리나라 특허제도상 제3자의 청구에 의한 무효심판과 유사한 제도에 해당한다.

출원 전 1년간의 기간 동안에 발명자가 그 기술을 공개 하더라도 신규성을 유지한다. 이는 박람회 등 특정한 경우와 6개월만을 인정하는 다른 국가들에 비해서 매우 관대한 요건이라고 볼 수 있다.

미국 특허제도상 특허청구범위의 해석은 기술의 일정한 범위를 한정하여 그 범위 내에서만 특허권을 부여하는 주변한정주의에 의해 행하여진다. 즉 권리의 해석시 문언적인 해석을 중요시하여, 이에 따라 기술의 일정한 범위를 한정하여 그 범위 내에서만 특허권을 부여한다. 따라서 특허청구의 범위의 기재 시에 신중을 기하여야 한다.